Répartition observée des lignées reproductrices selon l’effectif et la concentration

Ce calculateur décrit la répartition observée des lignées reproductrices dans un troupeau à partir du registre disponible. Il estime le nombre moyen de reproducteurs par lignée, la part de l’effectif concentrée dans la lignée la plus représentée et la couverture documentaire du groupe. Il aide à repérer une concentration excessive ou un registre incomplet avant de demander une analyse génétique plus approfondie. Il ne mesure pas directement la diversité génétique, la taille efficace de population ou la valeur d’un reproducteur.

Données à saisir

Indiquez le nombre de reproducteurs actifs dans le périmètre étudié. Comptez les animaux effectivement utilisés pendant la période et appliquez la même définition à toutes les comparaisons. Renseignez ensuite le nombre de lignées reproductrices distinctes identifiées dans le registre. Une lignée doit reposer sur une règle stable, par exemple une origine généalogique ou un ascendant connu ; ne changez pas le niveau de détail entre deux lots. Le troisième champ est le nombre de reproducteurs appartenant à la lignée la plus représentée. Il sert à visualiser la concentration du groupe, pas à qualifier cette lignée.

Le nombre de reproducteurs dont la lignée est inconnue est facultatif et vaut 0 par défaut. Il réduit la couverture documentaire affichée, sans être automatiquement ajouté à une lignée existante. Saisissez-le lorsque l’origine de certains animaux n’est pas disponible. Une valeur inconnue ne signifie pas que ces animaux appartiennent à une nouvelle lignée ; elle signale seulement une limite du registre. Les nombres doivent rester cohérents : la lignée dominante ne peut pas dépasser l’effectif actif et le nombre de lignées ne peut pas dépasser le nombre de reproducteurs.

Fonctionnement du calcul

Le nombre moyen de reproducteurs par lignée divise l’effectif actif par le nombre de lignées identifiées. La concentration de la lignée principale rapporte son effectif à l’effectif actif et le convertit en pourcentage. La couverture documentaire soustrait les reproducteurs à lignée inconnue de l’effectif, puis rapporte le résultat à l’effectif total. Le ratio de représentation des lignées rapporte le nombre de lignées identifiées à l’effectif actif ; il ne doit pas être lu comme un coefficient de diversité normalisé.

Exemple chiffré

Pour 100 reproducteurs actifs répartis dans 5 lignées identifiées, avec 20 animaux dans la lignée la plus représentée et aucun inconnu, la moyenne est de 20 reproducteurs par lignée. La concentration principale est de 20 %, la couverture documentaire de 100 % et le ratio de représentation de 5 %. Si 10 animaux ont une lignée inconnue, la moyenne et la concentration restent inchangées, mais la couverture descend à 90 %. Le registre devient alors moins complet sans que les animaux inconnus soient attribués à une nouvelle lignée.

Hypothèses et limites

Le calcul suppose que l’effectif, les lignées et la lignée principale concernent la même cohorte. Il ne connaît ni les liens de parenté éloignés, ni le degré de consanguinité, ni les contributions différentes des mâles et des femelles, ni la taille efficace de population. Deux troupeaux peuvent avoir le même nombre de lignées et une diversité génétique différente. Les performances, l’ascendance manquante, les achats extérieurs, les animaux utilisés sur plusieurs campagnes et les erreurs d’identification peuvent modifier la lecture. Utilisez cet indicateur pour améliorer le registre, comparer des règles de répartition et préparer une analyse de pedigree ; ne l’utilisez pas pour certifier la diversité ou prendre seul une décision de sélection. Pour un risque de consanguinité, faites vérifier les pedigrees et le plan d’accouplement par un spécialiste de l’espèce.